Zum neuen Fahrplanwechsel für das Fahrplanjahr 2016 gab es einige Betreiberwechsel von Eisenbahnlinien. Bei folgenden Unternehmen gibt es neue Zuglinien:
- Abellio Mitteldeutschland (Neues Unternehmen)
- Citybahn Chemnitz
- DB Regio NRW
- Enno (Neues Unternehmen)
- Hessische Landesbahn
- Mitteldeutsche Regiobahn
- National Express (Neues Unternehmen)
- Niederbarnimer Eisenbahn
- Oberpfalzbahn
- S-Bahn Mitteldeutschland
- Westfalenbahn
- Ostdeutsche Eisenbahngesellschaft
- Westfrankenbahn
Im Fernverkehr wurde der neue Doppelstockzug IC 2 eingeführt, der auf einigen Streckenabschnitten in Nord- und Ostdeutschland für den Schwerbehindertenausweis freigegeben ist. Ebenso fährt der Hamburg-Köln-Express nun auch von Köln bis Frankfurt.